据《唐大和上东征传》记载，鉴真经历了长达十二年的屡败屡试后，终于在753年12月20日登陆日本。当时，他已经六十五岁。虽然启请他东渡的圣武天皇已传位给女儿孝谦天皇，但鉴真依然备受推崇。翌年初，鉴真受封为「传灯大法师」，与奏请圣武天皇敕建东大寺的华严宗僧人良辨一起统领日本佛教事务。
758年，孝谦天皇迫不得已传位予淳仁天皇（此乃明治年间被追认的封号，过去他一直被称为「淡路废帝」）。失去了最主要的支持者，鉴真随之而遭受冷落、排挤。淳仁天皇即位后，托词令鉴真专心授戒，因而解除他的僧纲，并改以「大和上」称之。另外，又赐予在宫廷斗争中败死的亲王之旧宅，体面地把鉴真送出饶富象征意义的东大寺。其弟子于是劝请鉴真以封地为伽蓝，长传四分律藏，以持戒之力护国。在获得鉴真首肯后，便着手「私立唐律招提名，后请官额」，此伽蓝即现今的唐招提寺。于是，鉴真便从东大寺迁居至此，直至七六三年圆寂。
事隔六年（764年），孝谦天皇重祚，改称为称德天皇。追随鉴真东渡的弟子法进随后成为「大僧都」，唐招提寺亦得以扩建。
在日本的十年岁月里，鉴真传授唐朝的正规戒律制度，又分别在奈良东大寺、筑紫（即现今福冈县）观世音寺，以及栃木下野药师寺设立戒坛。此三地号称「日本三大戒坛」，是最澄开创日本天台宗之前，日本僧尼正式受戒的指定场所。是以，鉴真被尊称为「日本律宗初祖」。此外，虽然建立年代不详，唐招提寺境内西侧也设置了戒坛。
除了弘法传戒之外，鉴真在日本还于多方面备受推崇。例如，他被誉为「日本汉方医药之祖」。据《续日本纪》，光明皇太后久病不愈，幸得鉴真进献药物治愈，因而受封为「大僧正」，这是日本僧阶制度的最高级别。另外，他又大力传播张仲景在《伤寒杂病论》中记载的知识，写下《鉴上人秘方》一卷，只可惜此著作早已佚失。在日常食用方面，他将祖国制造豆腐的方法传授给日本人民。因此，直到今天，当地豆腐业仍尊称他为祖师。在日本文化发展方面，他在第六次东渡时，携同王羲之、王献之等著名书法家的字帖等珍贵文物随行，对日本书道的形成起了极大的促进作用。由于鉴真对天平（圣武天皇的年号）时代的文化形成所作出的伟大贡献，日本人民甚至以「天平之甍」比喻他的崇高成就。
至于鉴真对现代社会还有没有起到任何新作用呢？答案是肯定的。在笔者旅行期间，发现「鉴真」这个名字彷佛成了产品质量的保证。市面上，有奇应丸、「鉴真茶」、「鉴真香」等产品出售。其中，「鉴真香」的受欢迎程度，可从产量供不应求，每名顾客限购两小束这销情上略见一斑。
