一般而言，日本的寺院全称由“山号”、“院号”和“寺号”三个部分构成，简称“山院寺”。就以真言宗善通寺派的总本山寺院为例，其正式名称为“屏风浦五岳山 诞生院 善通寺”。不过，事实上也有些寺院并没有山号或院号的。例如：高野山真言宗的总本山寺院“高野山 金刚峯寺”就没有院号，而真宗大谷派的本山真宗本庙既无山号亦无院号，只有寺号“东本愿寺”。那么，寺院的山号和院号代表着甚么呢？
首先，山号起源于中国。由于中国很多寺院都建在远离繁嚣的山上，其中不乏直接取用所在的山名作为名号的寺院。反观，当佛教传入日本之初，寺院都由当权者和贵族为了镇护国家或现世利益而在都城内兴建。因此，日本最初的寺院并没有山号。由苏我马子发愿创建的飞鸟寺，原本命名为“法兴寺”，就是一个典型的例子。
日本的寺院系统化地采用山号，始于平安时代初期，两位主张山岳佛教信仰的密教大师——最澄和空海。他们结合了日本自古以来的山岳信仰，将深山视为圣域，慢慢由寺院最初只专属权贵（即氏寺），转变成为真正的修行道场，从而更有效地弘扬佛法。后来，这两位密教大师分别在比叡山和高野山兴建道场，发展出日本天台宗与真言宗。自此之后，新建或后来交由修行者主理的寺院，都会在寺号前加上山号，以表示该寺院乃修行之道场。就以飞鸟寺为例，其山号“鸟形山”是后来加上去的，盖因飞鸟寺后来交由真言宗丰山派主理而来。
至于院号，其实没有一种确切的说法，导致院号和寺号之间难以区别。飞鸟寺目前的正式名称为“鸟形山 飞鸟寺（安居院）”。是以，不管称“飞鸟寺”或“安居院”，其实都在表示同一座寺院的范围。
与金刚峯寺建于高野山不同，旅客在计划行程时得注意，飞鸟寺并不是在鸟形山上修建的。“鸟形山”位于四国高知县吾川郡，而飞鸟寺则座落于近畿（又称关西）奈良县高市郡。再者，高知县的“鸟形山”，日语读音为“とりがたやま”；而飞鸟寺的山号“鸟形山”，日语读音为“ちょうけいざん”。
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